Une nouvelle équipe de personnages prennent part à la continuelle bataille entre le bien et le mal. Gingka, notre héros, et ses fidèles amis s'attaquent à un dangereux groupe appelé Dark Nebula. La seule mission de la Dark Nebula est de conquérir le monde et de répandre le mal sur la Terre; mais pour y parvenir, ils doivent se débarasser de Gingka, la seule personne assez puissante pour leur barrer la route. L'histoire se complique quand des amis deviennent des ennemis et des ennemis des amis. Tout commence et finit avec Gingka alors qu'il se bat pour trouver la force de défendre son monde et l'honneur de Beyblade.

Tyson, Max, Ray, Kai et Kenny ont désormais dédié leur vie de Beybladeurs à enseigner aux autres comment devenir meilleur au Beyblade. Un débutant nommé Daichi rencontre Tyson et le provoque dans une Beybattle. Cependant, Tyson n'a pas de temps à perdre car le prochain Championnat du Monde de Beyblade pointe le bout de son nez.

Il y a un hic cette fois, les Bladebreakers ne peuvent pas concourir en équipe ! Ils doivent se séparer et former des équipes de deux! Max quitte le groupe pour rejoindre les PPB All Stars, alors que Ray rejoint les White Tigers X. Tyson et Kai restent seuls derrrière pour participer aux premiers tours du tournoi. Très vite, on annonce que Tyson sera le leader de BBA Revolution. Kai décide alors qu'il préfèrerait affronter Tyson plutôt que d'attendre à ses côtés. Il joint alors ses forces à celles des garçons de Blitzkreig.

Avec son nouveau partenaire Daichi et l'ingénieux Kenny à ses côtés, Tyson aspire à la victoire finale. Mais comment va-t-il gérer la pression quand il devra affronter ses anciens équipiers dans le Beystadium? Cette fois-ci, c'est une révolution totale !

Gagner les Championnats du Monde est une chose, mais Beyblader pour sa survie est un tout autre défi pour les Bladebreakers. Tyson, Max, Ray, Kai et Kenny s'unissent de nouveau après que la plupart d'entre eux échouent les uns après les autres contre un mystérieux groupe nommé les Saint Shields. Quand le sinistre Gideon et son accolyte, le Docteur B, révèlent leurs véritables intentions, nos héros doivent protéger leurs quatre Peu-Bêtes Sacrées et les empêcher de tomber entre les mains de l'équipe Psykick. Afin d'éviter de perdre leurs Peu-Bêtes pour toujours, les Bladebreakers doivent échapper à un nombre sans-cesse grandissant d'individus envoyés pour voler leurs pouvoirs.

Malheureusement pour les Bladebreakers, les Saint Shields et les Psykick n'étaient que les premiers rivaux à la poursuite de leurs quatre Peu-Bêtes Sacrées. Zagart et son sous-fifre, le Docteur K, ont volé une mystérieuse pierre à la mère de Max au laboratoire de recherche de la Beyblade Battle Association (BBA) qui contient des Ancients Peu-Bêtes. Après avoir extrait ces Ancients Peu-Bêtes de la pierre, le docteur K se lancent à la poursuite des Bladebreakers avec l'aide d'un groupe de mercenaires, les Beyblade Assassins. Lorsqu'elle dépasse les limites, Zagart renvoie le Docteur K et son fils, Zeo, fait son apparition aux Championnats du Monde de Beyblade. En utilisant les plus puissants Peu-Bêtes contenus dans la pierre, Zeo et son nouveau partenaire Gordo entreprennent d'accomplir la mission dans laquelle le Docteur a échoué. Après son renvoi, le Docteur K tente de se racheter auprès de Zagart en recrutant King et Queen, les fameux Beyblade Parts Hunters, afin d'exécuter ses sombres ordres. Cette année, les Bladebreakers pourront-ils défendre leur titre aux Championnats du Monde et leurs Peu-Bêtes Sacrées en même temps ?

"Beyblade: La Série Animée" tire l'esprit du sport réel et l'insuffle dans un monde animé, rempli de personnages cools, de compétitions exaltantes et d'anciennes et mystiques créatures... avec un soupçon de comédie, de suspense, de mystère et d'intrigue internationale ajouté pour épicer le tout.